RTX メーリングリストで質問をしたのですが、中の人？から明確な回答が。

理由がわかれば非常に単純な問題でして PPPoE 接続した際に ISP から取得する DNS サーバーが AAAA では IPv6 を返さない仕様だったわけです。

RTXの DNS はリカーシブDNSで、端末からのクエリを中継して、同じ問い合わせだったら、RTX 自身が応答しますよ。（キャッシュから応答）というものらしいので、RTX 自身が中継して返って来た応答に AAAA が無ければ、それは応答しなくても当たり前。というお話でした。

いやはや、以前のルーターでは、そのまま IPv6 を応答していたので完全に思い込んでいたわけです。
（おそらく以前のルーターは親切にもなんかやってたかもしれません）

ちなみに、ISP の上位の DNS は InfoSphere(sphere.ad.jp)なんですが、なんでこんな仕様（AAAA では返さず、ANY だと返す）なんですかね。

ちなみに IPv4 PPPoE も IPv6 PPPoE も同じ ISP ですので、IPv4 端末からは IPv4 しか返さず、IPv6 端末からは IPv6...と書いて、やっぱ ANY では返す理由の説明がつかない(^-^;

ひとまず、RTX の問題では無く、ISP 側、しいては、その上位の DNS サーバーの問題だということははっきりしましたので、ひとまずモヤモヤとしていた所は解決しました。

先入観だけで動いてはダメだと勉強になりましたよ。