個人的にメールは Webmail と Outlook Express を併用してメールの管理を行っていて、spam メールなどはサーバ側でフィルタされています。
フィルタリングされた spam メールは PMail Server のテストなどに使う為（ちなみにテスト用に収集した spam メールは今の所８万通ほどになっています）、削除せずにある程度貯まった時点で、OE で受信してまとめて削除するようにしていました。

普段、なにも考えずに除外フォルダから受信メールボックスにメールを移動して OE で受信していたのですが、ふと「POP3の時に受信処理するフォルダを変更するだけでいいんじゃないか？」と気が付いた訳です。

どうにも POP3 で処理する対象は受信メールボックスだけという先入観がずっと働いており、思いつかなかったのです
が、考えてみれば Webmail でサーバの挙動を変更することができますので難しいことでもなんでもありません。

まず Webmail の動作設定で POP3 の対象フォルダを指定出来るようにします。通常の動作は受信メールボックスですが、ここで Webmail で作成したサブフォルダを指定出来るようにします。
次に PMail Server 本体で Webmail で設定した POP3 の対象フォルダが設定されていたら、読み取るメールボックスを切り替えるコード（ホンの１６行ほど）追加します。

結果は、なんでもっと早く思いつかなかったんだろうと思うほど良好です。