現在、A.K.I Software のドメインは
akisoftware.com (Main)
akisoftware.jp (Sub)
で動かしています。
昨日までは akisoftware.jp にアクセスしたら強制的に akisoftware.com に移動するように設定していたのですが Google 先生のウェブマスターツールが「サイト移動してるよ」とかエラーを頻発しておりましたので、SEO的にもなんとかしようと設定しました。
（IIS5.0での設定ですが、6.0 や 7.0 でも同じ手順でいけるはずです）

１）まずホームディレクトリを作成します。
うちの場合はデータドライブに akisoftware.com / akisoftware.jp という名前でフォルダを作成しています。

この時にメインになるホームディレクトリに CGI用に cgi-bin を作っておきプロパティの「実行アクセス権」を「スクリプト及び実行可能ファイル」に変更しておきます。

サブになるホームディレクトリは空にしておきます。

２）メインとなる、akisoftware.com を IIS マネージャーで追加します。ホームディレクトリは akisoftware.com になります。ホストヘッダーも akisoftware.com です。

３）IIS マネージャーにサイトが追加されましたら、内容を確認します。cgi-bin フォルダだけあるはずです。

４）サブとなる、akisoftware.jp を同じく IIS マネージャーで追加します。ホームディレクトリは akisoftware.jp になります。こちらのホストヘッダーは akisoftware.jp です。

５）IIS マネージャーにサイトが追加されましたら、内容を確認します。akisoftware.com と違って、中身は空のはずです。

６）akisoftware.jp で仮想ディレクトリの追加を行います。エイリアスは cgi-bin でディレクトリは 「akisoftware.com/cgi-bin/」を指定します。

７）akisoftware.jp の内容に仮想ディレクトリとなる、cgi-bin が作成されます。仮想ディレクトリ cgi-bin のプロパティを開き「実行アクセス権」を「スクリプト及び実行可能ファイル」に変更しておきます。

８）Google 先生のウェブマスターツールでメタタグを使った確認を使う場合は、それぞれの index.html にそれぞれで取得したメタタグを張りそれぞれのホームディレクトリに index.html を置きます。（別サイトとして認識されます）

９）完成です。

こんなややこしいことをして何ができるかというと
例えば、PMail Server のコンテンツは /pmsrv/ というフォルダで管理しています。
akisoftware.com/pmsrv/ と akisoftware.jp/pmsrv/ は同じ内容にしたいのですが、それぞれにアップロードという手を使うと更新忘れなどが発生してしまいます。
かと言って、ホームディレクトリをどちらも同じものを参照させると、Referer を使ったものなどがおかしくなる場合があります。
この方法を使うとトップフォルダだけは別々に管理することができたり特定のフォルダだけ、.com の場合は○○で、.jp の場合は△△という構成を作ることもできます。
アフェリエイトなどで、別々に設定する必要があるとかの場合にも有効ですね。

ただ .com / .jp 両方とも取るってのが面倒くさくしている原因なのですが・・・