IMAP4 の特徴としてサブディレクトリの作成が可能な点がありますが、元々 PMail Server は SMTP/POP3 用として開発をしておりますので、サブディレクトリの対応は Webmail からのみアクセスが出来るような仕様になっています。

Webmail でメールボックスの階層化対応の際の掲示板を見ていた方はご存じかと思われますが、実際には階層化しておらず擬似的に階層に「見せかけている」だけです。
（これは意図的な物でして、Windows はパスの全長が 255〜260文字という制限があります。これ以上深くなるとファイルやフォルダが削除出来なくなったりします）

完全に仕組みが違いますので、ぶっちゃけると IMAP4 で階層フォルダを作成することは出来ない仕様になっています。
対応するには、Webmail 側の階層システムを全て作り直さなければなりません。単純に Webmail の仕様を変更するだけでは済まずフォルダ階層に関連する箇所は全て書き直しになりますので、サーバー本体にも大きく影響します。
正直それはやりたくありません。

上記の理由から、指定されたメールボックスの以下にフォルダの作成を禁止する「Noinferiors」というフラグを指示しているのですが、使っているメーラーで Outlook Express （含む Outlook）以外のメーラーは、どうやらこれをシカトするようです。（調べた限りでは ThunderBird と Becky! はこの設定を見ていないようです。）

特に ThunderBird はフォルダの削除をする際にゴミ箱に移動させるという動作がデフォルトになっているのですが「ゴミ箱の中にフォルダの作成はできない（Noinferiors）」と指示しているのにも関わらず、移動しようとしてエラーになります。
ゴミ箱に移動しますか？と聞いてきますが「はい」を選択するとエラーになり終了。
「いいえ」を選択すると削除せずにそのまま終了。
削除できません・・・(^-^;

ThunderBird のオプションでゴミ箱に捨てるんでは無く削除フラグを立てる設定に変更して貰えば動作的には良いのですが、デフォルトがこれなのでおそらく対応したら「不具合です。メールボックスの削除が出来ません。」と問い合わせが来るのが目に見えています。

うーん、困ったもんです。